Bilim, kendi alanında varlığı belirli yöntemlerle inceler ve ulaştığı sonuçları kavramlarla ifade eder. Bu sonuçlar, o disipline yabancı olan biri için çoğu zaman anlaşılmaz görünür. Ancak bu durum, o bilgiyi değersiz kılmaz; yalnızca belirli bir bilgi düzeyi ve ilgilisinin gerektirdiğini gösterir.
Metafizik de varoluşun bilgisini konu edinir. Onun yöntemi ve dili, fizik bilimlerinin yöntemi ve dili değildir; çünkü konusu ölçülebilen nesneler değil, canlı ve değişken dönüşken olan varlığın kendisi, anlamı, birliği ve ilkeleridir. Bu nedenle metafizik, varoluşun kendi dilini kurmaya çalışan sistemli bir düşüncedir.
Sorun metafiziğin kendisinde değil, onun yanlış konumlandırılmasındadır. Metafizik, zamanla doğrulanamaz inançlar, hayalî açıklamalar veya bilim dışı söylemlerle özdeşleştirilmiştir. Oysa klasik anlamda metafizik, varlığı en genel ilkeleriyle araştıran disiplinin adıdır.
Bu bakımdan Muhyiddin İbn Arabî'nin eserleri, bilimsel deney raporları değil; varoluşun yapısını açıklamaya çalışan tutarlı bir metafizik sistemdir. Nasıl fizik, maddenin düzenini ve işleyişini anlamaya çalışıyorsa, metafizik de varlığın bütünlüğünü, ilkelerini ve anlamını kavramaya yönelir. İkisi farklı yöntemler kullansa da hakikati araştırma çabasını paylaşırlar.
Ancak metafizik, yalnızca teorik bir bilgi değildir. Onun amacı, insanın düşüncesini olduğu kadar yaşayışını da dönüştürmektir. Bilgi, hayatın içinde karşılığını bulduğunda gerçek anlamına ulaşır. Bu nedenle metafiziğin değeri, sadece anlaşılmasında değil, yaşanmasındadır.
Varoluşun bu bilgisini yaşama geçirmek, insanın kendi dar benliğini aşmasını sağlar. Buradaki "ötesine geçmek", varoluşun dışına çıkmak değil; varoluşun daha derin katmanlarını idrak etmek, kendini daha kuşatıcı bir hakikat içinde yeniden konumlandırmaktır. İnsan böylece yalnızca var olanı seyreden biri olmaktan çıkar; varoluşun anlamına bilinçle katılan bir özne hâline gelir.
Bu anlamda metafizik, insanı gerçekliğin dışına değil, gerçekliğin daha derin idrakine taşır. İbn Arabî'nin ifadesiyle hakikati bilmek, hakikatle yaşamaktır; bilgi ile varoluşun birleştiği yerde insan, kendini ve Rabbini birlikte tanımaya başlar.